Gjykata në Hagë e vendos fillin e rastit Allaqi te një mosmarrëveshje e vitit 1993 me Hashim Thaçin. Tre njerëz që ishin në mbledhjet e LPK-së thonë se ajo përplasje nuk ka ndodhur kurrë.

Një mosmarrëveshje e vitit 1993, të cilën Dhomat e Specializuara të Kosovës në Hagë e vendosën në rrëfimin e tyre për fatin e Behajdin Allaqit, po kontestohet tani nga njerëz që thonë se ishin të pranishëm në ato takime. Ali Ahmeti, Ramadan Avdiu dhe Fatmir Brajshori, të tre ish-veprimtarë të Lëvizjes Popullore të Kosovës (LPK), mohuan publikisht se mes Hashim Thaçit dhe Allaqit kishte pasur ndonjëherë konflikt apo mosmarrëveshje serioze.
Pretendimi që ata kundërshtojnë është pjesë e aktgjykimit të shkallës së parë, të shpallur më 16 shtator 2026 ndaj Hashim Thaçit, Kadri Veselit, Jakup Krasniqit dhe Rexhep Selimit. Aty Trupi Gjykues konstatoi se në vitin 1993 Allaqi kishte pasur një mosmarrëveshje serioze me Thaçin dhe Azem Sylën. Sipas aktgjykimit, Thaçi dhe Syla e akuzonin Allaqin se kishte sjellë në radhët e lëvizjes Shaban Shalën, të cilin ata e konsideronin spiun të pretenduar të Serbisë. Gjykata konstatoi se kjo përfundoi edhe me marrjen e rolit që i ishte premtuar Allaqit.
Ali Ahmeti, ish-komandanti i Ushtrisë Çlirimtare Kombëtare, e hodhi poshtë këtë version në emisionin Debat Plus, duke u ndalur te takimi në fshatin Kollare të Kërçovës. "Në Kollare nuk ka pasur asnjë përplasje në mes Hashim Thaçit dhe Beadin Allaqit. Pjesëmarrja e Hashim Thaçit në Kollare, ai ka qenë njëri nga pjesëmarrësit më të rinj në atë takim dhe nuk ka pasur fare debat midis Thaçit dhe Allaqit", deklaroi Ahmeti. Ai kujtoi se Allaqi kishte qenë në krye të LPK-së dhe tha se nuk kishte parë asnjë përplasje mes tij dhe Thaçit.
Më i ashpër në vlerësim ishte Ramadan Avdiu, ish-anëtar i Komitetit Drejtues të LPK-së. "Absolutisht është e paqëndrueshme. Nuk di në çka bazohet. Unë i kam parë edhe ca shkrime, edhe një libër. Dhe kjo është krejtësisht e pavërtetë. Aty ka pas debat. Në çdo mbledhje ne kemi debatuar. Ne kemi debatuar me qëllim si t’i përmirësojmë punët dhe të organizohemi më mirë", tha ai. Sipas Avdiut, në mbledhjet e lëvizjes kishte debate dhe polemika, por jo konflikte.
Avdiu përshkroi edhe një mbledhje konkrete, ku Thaçi përfaqësonte këshillin e rrethit të Skenderajt, ndërsa Allaqi atë të Prizrenit. "Ajo mbledhje ka qenë konsultative, nuk ka qenë e përgjithshme. Aty janë mbështet aksionet e armatosura. Është bërë thirrje për unitet dhe bashkim", tha ai. Në rrëfimin e tij, marrëdhënia mes të dyve ishte e kundërta e asaj që përshkruan gjykata: "Bile me insistimin e Allaqit, Thaçi është zgjedhur anëtar i grupit për organizim dhe riorganizim".
Të njëjtin qëndrim mbajti edhe Fatmir Brajshori, anëtar i LPK-së, i cili bëri dallimin mes mospajtimit dhe armiqësisë. "Nuk ka pas. Duhet të sqarohen disa gjëra. Tjetër është konflikti, tjetër është debati dhe polemika. Në mbledhjet e LPK-së, se ka pas demokraci të brendshme, ne kemi pas gjithmonë debate, polemika, por as edhe njëherë konflikte. Asnjëherë nuk ka pas konflikte", deklaroi Brajshori.
Pesha e kësaj mosmarrëveshjeje të pretenduar qëndron në atë që gjykata konstatoi se ndodhi pesë vjet më vonë. Sipas Dhomave të Specializuara, para zhdukjes Allaqi ishte nën vëzhgimin e shërbimit të zbulimit të UÇK-së, ndërsa Thaçi dhe Veseli kishin kërkuar informacione për praninë e tij në shtabin e UÇK-së në Drenoc. Më ose rreth 11 qershorit 1998, Allaqi shkoi në atë shtab dhe pak më pas mbërritën Thaçi e Veseli. Sipas aktgjykimit, ata e morën Allaqin të prangosur dhe ai nuk u pa më kurrë.
Trupi Gjykues deklaroi se ishte i bindur që Allaqi ishte vrarë. Komunikata 61, e publikuar më 1 nëntor 1998, e cila njoftonte se ai kishte rënë dëshmor në betejë, sipas gjykatës shërbeu si mbulesë.
Mbrojtja e Thaçit ka kundërshtuar mënyrën se si gjykata i trajtoi përfundimet për Allaqin, duke vënë në pikëpyetje faktin që konstatimet për vrasjen u bënë publike, ndërsa provat mbi të cilat ato mbështeten mbetën konfidenciale.
Pas vitesh pritjeje, mosmarrëveshja për qindra miliona euro të paguara nga buxhetet komunale arriti në fazën e parë dëgjimore. Drejtori ekzekutiv i AKK-së, Sazan Ibrahimi, thotë se niveli qendror as që u paraqit.

